卫生院的污水，除一般生活污水外，还含有化学物质、放射性废水和病原体。因此，必须经过处理后才能排放，特别是肝炎等传染病病房排出来的污水，须经消毒后才可排放。
无污水处理的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。
常用消毒剂有二氧化氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。
卫生院医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒(常用熟石灰消毒)或高温堆肥后方可用作肥料。
医院各部门的功能、设施和人员组成情况不同，产生污水的主要部门和设施有:诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X光照像洗印、动物房、同位素治疗诊断、手术室等排水。医院行政管理和医务人员排放的生活污水，食堂、单身宿舍、家属宿舍排水。
不同部门科室产生的污水成分和水量各不相同，如重金属废水、含油废水、洗印废水、放射性废水等。而且不同性质医院产生的污水也有很大不同。医院污水较一般生活污水排放情况复杂。
医院污水来源及成分复杂，含病原性微生物、有毒、有害的物理化学污染物和放射性污染等，具有空间污染、急性传染和潜伏性传染等特征，不经有效处理会成为一条疫病扩散的重要途径和严重污染环境。
1.全过程控制原则。对医院污水产生、处理、排放的全过程进行控制。
2.减量化原则。严格医院内部卫生安全管理体系，在污水和污物发生源处进行严格控制和分离，医院内生活污水与病区污水分别收集，即源头控制、清污分流。
严禁将医院的污水和污物随意弃置排入下水道
3.就地处理原则。为防止医院污水输送过程中的污染与危害，在医院必须就地处理。
4.分类指导原则。根据医院性质、规模、污水排放去向和地区差异对医院污水处理进行分类指导。
5.达标与风险控制相结合原则。全面考虑综合性医院和传染病医院污水达标排放的基本要求，同时加强风险控制意识，从工艺技术、工程建设和监督管理等方面提高应对突发性事件的能力。
6.生态安全原则。有效去除污水中有毒有害物质，减少处理过程中消毒副产物产生和控制出水中过高余氯，保护生态环境安全。
